同一项分析可能同时产生 GMT 基因集合、R 数据对象、JSON 接口响应和 XML 结构文档。它们不是互相替代的文件后缀，而是针对不同交换任务作出的设计选择。
GMT 适合交换基因集合
GMT 用简单行结构表示集合名称、说明和成员，便于 GSEA 等工具读取。
它不适合保存复杂样本元数据、统计模型或嵌套关系。
导出时记录物种、标识类型、集合版本和来源。
集合名称相同不代表不同版本内容一致。
R 对象保留分析结构
RDS 或相关对象可以保存矩阵、模型与元数据类型，减少重新解析。
它依赖 R 与包生态，长期共享时应同时提供环境和简单文本摘要。
对外交换关键表格可再导出 CSV 或其他开放格式。
反序列化未知来源对象存在风险，只打开可信文件。
JSON 适合程序接口
JSON 易于 Web 和多种语言处理，适合接口响应、任务状态和配置。
数值精度、日期、缺失值和大矩阵需要额外约定。
使用明确 schema 或字段说明，并给接口版本。
JSON 可读不等于语义自明，字段定义仍是必要文档。
XML 强于严格结构与命名空间
XML 支持命名空间、schema 与复杂文档，适合需要严格验证的交换。
它通常比 JSON 冗长，普通数据分析者手工阅读成本更高。
保留 XSD、版本和示例，避免只有文件没有结构说明。
旧 XML 接口不能在没有数据和授权时凭外观复建。
表格格式适合人工核对
CSV 和 TSV 容易查看与导入，适合二维结果和数据字典。
分隔符、编码、引号、日期和科学计数法可能造成隐性变化。
固定 UTF-8、字段类型和缺失值规则，导入后检查行列数量。
电子表格自动转换基因名称是已知风险，应保留原始文本。
压缩与归档解决的是传输
压缩包可以减少文件数量和传输开销，但不会自动提供版本、许可或完整性说明。
归档中加入 README、manifest 和可信校验值。
解压前检查来源、预计大小和保存位置。
压缩比高不代表内容适合长期保存。
本文参考资料
- GSEA 用户指南
- Bioconductor
- Ensembl 基因组浏览器
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